腐乳的原料是豆腐，给豆腐块接种品种合适的霉菌，放在合适的条件下培养，就会逐渐长出毛茸茸的一层白毛。主要是毛霉菌，对人没有危害。它们的作用是分解白坯中的蛋白质、产生氨基酸和一些B族维生素。对长了毛的白坯进行搓毛盐渍，就成了豆腐乳。
如果制作好的腐乳因保存不当出现褐色或黑色毛，这种现象属于发霉，发霉的豆腐乳不可继续使用，会危害人体健康，轻则拉肚子重则中毒。