豆腐乳的主要原料是豆腐，加工过的豆腐相比未加工时增加了很多有益成分。
1、大豆异黄酮活性增加
未发酵的大豆制品中，异黄酮主要是以黄酮葡萄糖苷的形式存在；发酵后则变成游离型异黄酮苷原，具有更广泛、更强烈的抗菌活性、抗氧化活性、雌激素活性等生物学活性。游离型异黄酮苷原防控冠心病的作用更强，还更易为人体吸收。
2、维生素B族含量丰富
腐乳中富含丰富的维生素B族，以维生素B1、维生素B2、以及维生素B12的含量较为突出。维生素B族会参与人体多项重要的生理活动，如参与糖代谢、脂肪代谢、维持大脑、神经系统、血液循环的功能等，可预防贫血、神经系统问题等。
3、微量元素多
腐乳中的钙、镁、铁、锌、硒等微量元素含量都比较高，可以为我们补充多种必需且重要的营养素。
4、蛋白质利用率提高
大豆里有一些植物纤维，人体难以消化，阻碍蛋白质吸收。经微生物的酶水解后生成了低分子多肽混合物，易于被消化吸收，使得腐乳中蛋白质的消化率从65.3%升高到96%。
腐乳中所含蛋白质的量和性能完全可以与动物性食品相媲美，且其本身又不含胆固醇。腐乳中的蛋白质疏水性成分能与胆酸结合，降低体内胆固醇的吸收及胆酸的再吸收。