腐乳发酵一般多用毛霉菌和根霉菌，都是「好霉菌」，不会对人体有健康影响。
在发酵过程中大豆中的一些抗营养因子会被分解，还会产生 B 族维生素，营养不但没有损失甚至还增加了。
至于很多人担心的健康、安全问题，现代规模化生产的腐乳，所用菌种、发酵温度、湿度都是有固定标准的，保证风味稳定的同时，还能大幅减少生产问题。
在水分方面做出限定，防止一瓶子腐乳里全是卤汤；对氨基酸态氮进行限定，保证豆腐经过充分发酵；对总酸做出限定，防止不良发酵变酸的腐乳流入市场。
腐乳集各种多种风味于一体，软糯咸鲜，简单快手，实在是不可多得的调味圣品，只要控制量，完全可以放心吃。